干细胞又被称为“种子细胞”，是一类具有自我更新、高度增殖和多向分化潜能的细胞群体，在医疗领域依靠其“干性”可以有望实现细胞替代和组织再生。其中，临床研究应用热门的是间充质干细胞。
近年来，间充质干细胞被广泛应用于多种疾病的治疗和研究中，随着突破性治疗成果的不断输出，间充质干细胞治疗疾病的潜力也被越来越多的科学研究所证实。目前，间充质干细胞已成为全球研究的热点，间充质干细胞治疗的应用前景也变得更加广阔。
间充质干细胞是一种多能干细胞，它具有干细胞的所有共性，即自我更新和多向分化的能力。在临床应用也很多，与造血干细胞联合应用，可以提高移植的成功率，加速造血重建。当患者接受大剂量化疗后，将间充质干细胞与造血干细胞一同输入，可明显加速患者血细胞恢复时间，且安全无不良反应。
2004年，Le Blanc等报道了首例半相合异基因间充质干细胞移植治疗GVHD获得成功，其后又报道了异基因配型不合的间充质干细胞移植治疗GVHD的有效性，并且认为在应用间充质干细胞治疗GVHD不需要严格的配型，其后又有多篇异基因未经配型的MSC治疗GVHD、促进造血重建的报道，其MSC来源涉及骨髓、脂肪、牙周等。
美国FDA已批准了近60项临床试验，主要包括造血干细胞移植、组织损伤的修复、自身免疫性疾病、作为基因治疗的载体等几个方面。其中移植物抗宿主病、克隆氏病的治疗在美国已经进入到三期临床阶段。
现如今，间充质干细胞的临床研究已经在许多国家开展，随着间充质干细胞及其相关技术的日益成熟，我国也批准了多项临床试验，走入了间充质干细胞核心技术研发的舞台。
目前，我国已开始用间充质干细胞治疗临床上一些难治性疾病，除了用来促进恢复造血，与造血干细胞共移植提高白血病和难治性贫血等以外，还用于心脑血管疾病，肝硬化、骨和肌肉衰退性疾病、脑和脊髓神经损伤、老年痴呆及红斑狼疮和硬皮病等自身免疫性疾病的治疗研究。根据初步的临床报告，间充质干细胞对这些疾病的治疗都取得明显的疗效。
迄今的研究表明，间充质干细胞不但能够成为骨髓间充质干细胞的理想替代物，而且具有很大的应用潜能。由于它分化的组织类型十分广泛，因此临床应用价值不菲。
间充质干细胞表达多种胚胎干细胞的特有分子标志，具有分化潜力大、增殖能力强、免疫原性低、取材方便、无道德伦理问题的限制、易于工业化制备等特征，因此很有可能成为具有临床应用前景的多能干细胞。